El terme biotecnologia groga fa referència a la branca de la biotecnologia dedicada a l'optimització de processos industrials; busca reemplaçar a les tecnologies més contaminants per altres més netes ó com es diu a l'anglés environmentaly-friendly.
L'ús d'enzims ó biocatalitzadors és un dels avanços més significaitus en aquest tipus de biotecnologia. Els avantatges del seu ús resideixen en l'alta selectivitat i eficiència dels enzims modificats en comparació amb altres enzims o processos químics. Així, els processos químics convencionals requereixen alta pressió i temperatura i els enzims, en canvi, treballen a baixa pressió i temperatures que no superen els 50ºC. A més a més, els enzims són biodegradables i molts d'ells poden actuar en medis orgànics amb alta concentració de sals. Aquests enzims s'apliquen a dies de hui a pràcticament totes les àrees industrials: farmacèutica, alimentària,química, textil, detergents, paper, etc.
Els detergens són, de fet, el millos exemple de com l'ús d'enzims disminueix els costos, perquè la neteja de roba i altres objectes requereix de molt menys energia.
Altre exemple molt significatiu és l'aplicació de la biotecnologia a la indústria del paper i la cel·lulosa. En el procés de tractament de la fusta, l'eliminació de la lignina requereix altes temperatures i tractaments amb oxígen i clor, la qual cosa produieix residus clorats molt tòxics. No obstant això, amb l'utilització de xilanases (enzims que degraden el xilà i la lignina associat a aquest), evita la producció de productes de deixalla tòxics.
Però, aquest tipus de biotecnologia és més conegut per la producció d'aliments que precisen de la intervenció de microorganismes, com és el pà, la cervessa, el formatge i els iogurts. En aquest sentit, la biotecnologia s'encarrega de la millora dels llevats per augmentar la qualitat i la velocitat de producció del produce final.